支付宝电子医保卡不可以扣医保里面的钱。在使用支付宝电子医保卡的时候,支付宝电子医保卡只能从支付宝中扣款,或者从支付宝绑定的银行卡中扣款,是不会从医保卡中扣款的,想要从医保卡中扣款,需要使用医保卡来支付的。