深圳社保一档和二档在缴费标准、参保条件、医保保障等方面都有所区别：
1、缴费标准不同，深圳社保一档的缴费比例是单位交5.2%，个人缴交2%进入个人账户；深圳社保二档的缴费比例是单位交0.6%，个人交0.2%，个人账户不返费。
2、医保不同，深圳社保一档的医保有个人账户，在所有定点医疗或社康都可以直接刷社保卡结算，而且可以在12个月内申请报销异地门诊费用，而深圳社保二档的医保没有个人账户，只能在绑定的医院或社康刷社保卡进行结算，并且不能报销异地门诊费用。
3、参保条件不同，深圳社保的医保一档只能是具有深圳户口的人参保，而深圳社保的医保二档是非深圳户口的人才能参保。
如果有深圳户口，并且有单位缴费的话，只能选择缴纳社保一档；如果是个人缴费，可以自由选择社保一档或二档；并且深圳社保一二档都需要交剩余保险，只有三挡不用交生育保险。
