区别主要有以下：
1、参保人群不同。城乡居民养老保险主要面向拥有当地户口的无业居民，无论户口属于城镇还是农村，均可参加。灵活就业养老保险属于城镇职工基本养老保险的范畴，主要面向在职职工、个体工商户和灵活就业人员。
2、缴费标准不同。城乡居民养老保险按年缴纳，缴费时间统一，缴费标准分为几百到几千等多个档次，个人可自愿选择缴纳档次。灵活就业养老保险按月缴纳，通过银行代扣代缴，一般按当地上一年社会平均工资水平的60%-300%设置不同的缴费档次，每年缴费在几千到几万块钱不等。
3、缴费补贴不同。城乡居民养老保险直接补贴到个人账户，缴费档次越高，补贴程度越高。灵活就业养老保险也直接补贴给个人，主要是针对就业困难人员的。
4、退休年龄不同。城乡居民养老保险规定男、女退休年龄均为60周岁。灵活就业养老保险中，男性退休年龄为60周岁，女性为55周岁，少数地区女性可以在50周岁时办理退休。
5、待遇水平不同。从待遇水平上来看，目前灵活就业养老保险要远远高于城乡居民养老保险。
