农合开药对商业保险并不影响，二者是没有冲突的。当参保人发生疾病时，可以同时享受双重保障。
如果用户不仅参加新农合，而且还购买了商业医疗保险的话，其报销补偿原则是：新农合是农民的基本医疗保障制度，商业医疗保险是基本医疗保障制度的补充，用户可在任何一方先办理报销理赔。
用户如果先在商业保险办理了赔付的话，那么新农合的报销补偿的费用就是，按住院费用总额减去自费药和自费诊疗项目后计算，但新农合报销补偿金额与商业保险理赔金额之和，不能大于票据医疗费用总额。
