公司缴纳五险一金是从工资里扣的，但是只扣一部分。五险一金是由公司和员工共同缴纳的，而公司需要承担的保费缴纳部分相对来说会更多，比如某地区养老保险是公司缴纳19%，个人缴纳8%，失业保险由单位缴纳0.8%，个人缴纳0.2%，生育保险单位缴纳0.8%，工伤保险单位缴纳0.5%，医保单位缴纳10%，个人缴纳2%+3，住房公积金单位和个人分别缴纳12%。
