一是性质不同。基本医疗保险是社会保障制度的重要组成部分，政府强制推行，由劳动和社会保障部门承办，具有非盈利性。商业性医疗保险则由商业性保险公司承办，具有经营性和盈利性，遵循市场规则。
二是保险对象不同。基本医疗保险以城镇职工逐步扩大至全体劳动者为对象，凡是基本医疗保险实施范围内的用人单位及其职工都必须参加。商业医疗保险则以个人自愿参加为原则。
三是权利与义务的关系不同。在基本医疗保险中，用人单位有义务为职工缴纳基本医疗保险费和医疗互助金，职工在履行缴费义务后，就可以获得享受基本医疗保险和医疗互助相关待遇的权利。商业性医疗保险，保险人与被保险人之间是一种商业契约关系。
四是保险费的缴纳方式不同。基本医疗保险的费用由用人单位和个人共同支付，个人的缴费负担较轻，而商业性医疗保险的保险费则全部由被保险人个人负担。五是保险的待遇标准不同。基本医疗保险根据可能提供基本医疗保障，而商业性医疗保险则按合同规定给付待遇。
